哈利·波特在霍格沃茨魔法学校学习一年之后，暑假开始了。他在姨父姨妈家熬过痛苦的假期。正当他准备打点行装去学校时，家养小精灵多比前来发出警告：如果哈利返回霍格沃茨，灾难将会临头。多比为哈利重返霍格沃茨设置了很多障碍，但哈利和罗恩还是开着韦斯莱先生会飞的福特老爷车，义无反顾地回到了霍格沃茨……
　　才一开学，魔法学校里就怪事连连：守门人的猫和几个学生受到某种可怕的力量的攻击而石化，事发现场留着鲜血写的“密室已被打开……”
　　为了加强同学们的防范意识，洛哈特教授和斯内普教授组织了一个“魔法决斗小组”，旨在向同学们传授一些基本的魔法防御知识。在演习过程中，哈利无意中说了“蛇语”，以阻止马尔福变出的蛇攻击同学，但是这一举动引起了轩然大波，因为，即使在巫师界，会说蛇语，也就是所谓的“蛇佬腔”也是不受欢迎的，因为这是斯莱特林特殊的能力，而且是黑魔王伏地魔使用的语言，大家纷纷猜测他就是“斯莱特林的继承人”，并且把哈利看成是一个危险分子，这让哈利迷惑并痛苦不已。哈利的耳边时常传出幽灵般的声音：密室之门将被打开……这让哈利更加迷惑。同时，又有几名曾经说过哈利坏话的同学被石化了，这让大家的恐慌情绪更重了。
　　面对越来越多的受害者，学校里一片恐慌。学校甚至宣布，可能要关闭。
　　哈利，赫敏和罗恩三人决心要找出密室的秘密。他们怀疑这一切都是马尔福干的。他们配置了复方汤剂，变成克拉布和高尔的样子，想从马尔福口中套出话来。可是，就连马尔福也不知道谁是“斯莱特林的继承人”，更没有打开密室。哈利在他们平时配置汤剂的女生盥洗室里面无意中发现了一本日记，虽然看上去破破烂烂，但是里面一个字都没有。哈利带走了这本日记，并且惊奇的发现，这本日记自己会思考，还会与人交流。日记的主人叫“汤姆·里德尔”，曾经是霍格沃茨的学生。他向哈利展示了他的一段记忆，哈利发现，50年前，似乎是海格打开了密室，放出了怪物，杀死了一名学生。
　　哈利去找海格求证，海格否认曾经打开密室。正在这时，魔法部官员前来逮捕海格，海格被带去了阿兹卡班，邓布利多也被迫被解除了霍格沃茨校长的职务。海格走之前，为哈利留下了一条线索：“只要跟着蜘蛛，就能得到线索。”
　　为了解开一连串恐怖的谜团，哈利必须探索密室之谜，而致命的危机正一步步临近……