摩尼教被禁止的根本原因在于它的反叛思想，它对于现实世界的否定，它要追求未来的光明，这是任何统治者所不愿意看到的，所以明教从此就转入了地下。从唐朝以后，宋朝一直到元朝，摩尼教常常是在地下秘密流传，可是摩尼教为了保护自己，不被政府镇压或禁止，他们往往要与佛教拉上关系，打着佛教的旗号，逃避朝廷的镇压，他们把自己和佛教的白莲宗联系起来。
因此就被称为白莲社或者白莲教。可是白莲社、白莲教宣传的宗旨仍然是否定现实统治，要迎接未来的光明。所以统治者不喜欢他们，一再镇压白莲社、白莲教，可是白莲教所提倡的理念，在广大民众当中深入人心，白莲社、白莲教就成为联系民众反抗朝廷的秘密社团。
明教徒诡称他们所信奉的是佛教上乘宗，他们不吃荤，供奉摩尼夷数(耶稣)画像。反对摩尼教的佛教徒和官府便说他们是“吃菜事魔”。五代后梁年间上乘宗曾发动起义，但遭到镇压，后晋时明教又在民间秘密传播。北宋《二宗三际经》被编入《道藏》，明教一度广泛流传。但一遇水旱饥馑，百姓不满，明教便被利用来聚众造反，所以政府又不能不对它加以镇压。
明教徒为了逃避镇压便一再改名或与其他宗教混合，到北宋末年便与出自佛教净土宗的白莲社、弥勒教合流了。而弥勒教假托弥勒降生，白莲社以西方净土白莲池为引诱，也都有秘密聚众反抗官府的传统。元代宗教政策相对宽松，白莲教一度可以公开传播，到元武宗至大元年(1308年)、英宗至治二年(1322年)又先后下令禁止白莲社的佛事。白莲社再次成为秘密结社。
元朝末年，百姓已经处于水深火热之中，忍无可忍，期盼推翻以蒙古贵族为主体的元朝统治，他们希望回到原来没有民族压迫的大宋朝的统治之下，因此就提出了“山河奄有中华地，日月重开大宋天”的口号。他们就捧出了一个大宋皇帝小明王韩林儿。他们以此号召各种反元势力和穷苦百姓团结到自己的旗帜下。明王出世，战胜黑暗，就会给老百姓带来幸福。
无疑幸福生活是所有人向往的，幸福生活对穷苦老百姓的诱惑十分强烈。而在元朝，老百姓受苦受难的根源则是以蒙古贵族为主体的统治者，推倒蒙元政权才能迎来光明世界。红巾军要壮大势力达到夺取政权的目的，小明王就成为最好的旗帜。明王出世可以带来光明，因此就要举出一个明王来带领大家推翻黑暗的现实，迎来未来的光明，这就是红巾军所信奉的宗教，也就是红巾军所提出的理念，迎接光明世界，迎接明王出世。
所以朱元璋的这个明，如果说和明教有关系，和小明王有关系的话，就是他希望给百姓带来光明。
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